搶在 2009 年初於歐洲市場上市前，小改款 Toyota Yaris 先行在義大利波隆納車展上進行首演；外觀上，小改款 Yaris 在前後保桿上都追加了防撞塑膠飾條，頭尾燈的造型也經過重新修改，水箱護罩的設計也更窄了些；內裝部份，Toyota 也為小改款 Yaris 換上全新的座椅材質、並追加全新的內裝飾板選配；小改款 Yaris 最主要的變革在於它的引擎罩下、那具首見於 Auris 車系上的全新 1.33 升 Dual VVT-i 四缸汽油引擎。

與既有的 1.4 升引擎相較，這具全新汽油引擎擁有更低的排污性能、更佳的油耗經濟性、以及更強的動力輸出，這具 1.33 升 Dual VVT-i 引擎擁有 101hp 最大馬力與 132Nm 的峰值扭力，並標準配置六速手排變速箱，當然，也有半自動的「MMT」變速箱供選配。Toyota 表示，搭載 1.33 升 Dual VVT-i 引擎的 Yaris 手排車型，其平均油耗可達到 5.1L / 100km 的水準。

此外，小改款 Yaris 更首度搭載 Toyota 全新的 Stop&Start 技術；根據 Toyota 表示，這套 Stop&Start 系統與一檔齒輪恆時嚙合的結構可是全球首見的設計，這表示啟動馬達可直接與引擎的環狀齒條嚙合，也因此，引擎的啟動與熄火可以更快速、更安靜。